福娃之一的貝貝在夢(mèng)中遇到激戰的“和平女神雅典娜”與“戰神阿瑞斯”。戰敗的雅典娜身受重傷，她告訴貝貝：在時(shí)空隧道中的1896年，有一個(gè)隱藏了巨大能量的木盒，只有得到里面的能量，才能恢復自己的盾牌和生命，打敗邪惡的阿瑞斯。醒來(lái)之后，在顧拜旦來(lái)信的提示下，貝貝立下誓言：要穿越時(shí)空，回到1896年，幫助女神取得木盒。依照雅典娜的指示：貝貝下海尋找能夠穿越時(shí)空的東方時(shí)空老人“必喜”。但卻在深海峽谷中，遇到了貪吃成性的小妖怪——皮休。他是龍之九子，必喜的弟弟。多年前因為想吃太陽(yáng)而掉入大海，目前正為自己“永遠饑餓”的胃病而苦惱，一聽(tīng)說(shuō)隱藏巨大能量的木盒，也十分積極地加入了貝貝的旅行。在皮休的帶領(lǐng)下，貝貝找到了必喜。必喜載著(zhù)二人進(jìn)入了“時(shí)空隧道”，卻在通過(guò)了二十一世紀大門(mén)之后不久，中了阿瑞斯手下普嚕嚕的埋伏，必喜雙眼失明，被迫停止旅行。必喜要孩子們進(jìn)入最近的時(shí)空——1984年，尋找一滴人類(lèi)最激動(dòng)最幸福時(shí)刻流下的眼淚來(lái)擦亮眼睛，才能繼續旅行，返回1896年。皮休和貝貝分別在1984年找到了中國射擊運動(dòng)員許海峰和海地馬拉松運動(dòng)員拉莫特，幾經(jīng)周折，貝貝從拉莫特身上取到了眼淚。兩人返回時(shí)空隧道時(shí)，卻遇到與必喜大戰的阿瑞斯，混亂中，必喜的龍之如意被奪走，身體變得虛弱，并縮小。貝貝用眼淚替必喜恢復了視力，但只有找回如意才能穿越下一道世紀大門(mén)，進(jìn)入1896年。因此必喜帶著(zhù)兩個(gè)孩子開(kāi)始尋找如意。他們在不同的奧運年代都發(fā)現了如意的存在，但收集到的卻是一個(gè)一個(gè)小如意珠。原來(lái)如意被阿瑞斯分散，放置在運動(dòng)員身上復制能量為自己所用。在皮休和貝貝的努力下，如意珠被一個(gè)一個(gè)收集起來(lái)，最后還剩兩個(gè)就可以組合成龍之如意了。這時(shí)，阿瑞斯卻制造了一起陷阱，將三人帶去他的黑暗王國——骷髏島。在福娃兄弟姐妹的幫助下，貝貝在千鈞一發(fā)的時(shí)刻醒來(lái)，救出皮休，逃離了骷髏島。兩人又在其他福娃幫助下進(jìn)入1988年，找到最后兩個(gè)如意珠，并借機發(fā)現了骷髏島的秘密——只有奧運圣火才能突破通往骷髏島的大門(mén)?？珊诎敌⊙龑⑼ㄍ鶌W運節點(diǎn)的道路嚴密封鎖起來(lái)，不讓他們取得圣火。皮休回憶起自己在東京奧運會(huì )上結識過(guò)的一個(gè)人說(shuō)過(guò)，他要偷圣火回家鄉給父老鄉親看。于是他帶著(zhù)貝貝去到了那個(gè)人的家鄉：鹿兒島，并在那里拿到了燃燒了20幾年的圣火。兩人利用圣火突破進(jìn)骷髏島，救出了必喜，并拿回了所有的如意珠。如意珠合并，形成如意，必喜也全然恢復了。他們興高采烈地去到19世紀大門(mén)前，卻發(fā)現即便有如意，大門(mén)也打不開(kāi)——原來(lái)阿瑞斯眼見(jiàn)必喜逃脫，如意也被拿回，便強行封鎖了世紀大門(mén)，并根據皮休多嘴透露出的信息在1896年的希臘雅典尋找木盒。在必喜的好朋友火兒姑娘的提醒下，他們才得知，打開(kāi)大門(mén)的唯一方式是收集人類(lèi)記憶信息。只要找到足夠的寬厚、正義、謙讓、才能、誠信（對應仁、義、禮、智、信）五種信息，便可以解除封印，打開(kāi)世紀大門(mén)。于是三人再度進(jìn)入時(shí)空中的奧運會(huì )進(jìn)行尋找。在1924年巴黎奧運會(huì )上取得了哈洛德的“禮之信息”。在1932年洛杉磯奧運會(huì )上取得了劉長(cháng)春的“義之信息”。在1936年柏林奧運會(huì )上取得了歐文斯的“仁之信息”、盧茲.朗的“義之信息”，還有擊劍選手海琳娜的“信之信息”。在1948年倫敦奧運會(huì )上取得了芬尼的“智之信息”。在2004年雅典奧運會(huì )上取到了來(lái)自孟關(guān)良、楊文軍及瓦爾德內爾的信息。其間，阿瑞斯眼見(jiàn)事態(tài)一步步走向失敗，情急之下，只好去求助居住在死亡之海的蛇發(fā)女美杜莎，請她拿出“黑暗號角”，讓自己擁有召喚暗黑怪獸軍團的力量。因此，當三人拿著(zhù)足夠的記憶信息前去打開(kāi)世紀大門(mén)時(shí)，遭到了暗黑怪獸軍團的襲擊，雙方糾纏打斗著(zhù)進(jìn)入了1896年，最后貝貝用智慧擊退了怪獸，并利用雅典娜給的橄欖葉找到了埋藏木盒的位置。不料剛挖出木盒，阿瑞斯又將木盒搶去。貝貝、皮休、必喜奮力追入骷髏島，必喜在骷髏島大門(mén)處，用自己的身體托起大門(mén)，化為了一座石雕。最后大戰在骷髏島展開(kāi)，顧拜旦送來(lái)的其他四個(gè)福娃也加入了戰斗，骷髏島一片天昏地暗。阿瑞斯為了打敗福娃，打開(kāi)了木盒，不料木盒中空空如也，根本沒(méi)有他所想象的“巨大能量”，唯一飄落出來(lái)的只有一句話(huà)——“號召全世界的年輕人到賽場(chǎng)上去拼斗，而不是去戰場(chǎng)上廝殺?！边@時(shí)，雅典娜復活，盾牌上的裂紋一一復原，她將阿瑞斯變成一團泥土，融化在了骷髏島的大地上。原本陰森恐怖的骷髏島頓時(shí)生長(cháng)出繁茂的鮮花與植物，必喜石雕安詳地屹立在此。雅典娜要他們警惕阿瑞斯復活，并告訴他們，必喜并沒(méi)有死，只要讓奧運會(huì )一直延續下去，他就有復活的一天。傷心的皮休決定留下來(lái)陪伴六哥，直到他醒來(lái)。而福娃們則返回2008年，為了守護奧運會(huì )而努力去了。